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Choice of a season :
Malaysia - 12 October 2003
| 1 | Daniel Pedrosa (SPA) | Honda | 43'07.647 |
| 2 | Mika Kallio (FIN) | KTM | 2.658 |
| 3 | Jorge Lorenzo (SPA) | Derbi | 2.750 |
| 4 | Thomas Lüthi (SWI) | Honda | 3.006 |
| 5 | Masao Azuma (JPN) | Honda | 5.032 |
| 6 | Alex De Angelis (RSM) | Aprilia | 7.242 |
| 7 | Mirko Giansanti (ITA) | Honda | 9.549 |
| 8 | Héctor Barberá (SPA) | Aprilia | 10.908 |
| 9 | Pablo Nieto (SPA) | Aprilia | 11.197 |
| 10 | Roberto Locatelli (ITA) | Aprilia | 12.874 |
| 11 | Marco Simoncelli (ITA) | Aprilia | 14.926 |
| 12 | Stefano Bianco (ITA) | Aprilia | 15.443 |
| 13 | Andrea Dovizioso (ITA) | Honda | 15.576 |
| 14 | Gabor Talmacsi (HUN) | Honda | 22.889 |
| 15 | Álvaro Bautista (SPA) | Aprilia | 24.161 |
| 16 | Arnaud Vincent (FRA) | Aprilia | 24.266 |
| 17 | Fabrizio Lai (ITA) | Malaguti | 24.860 |
| 18 | Youichi Ui (JPN) | Derbi | 27.972 |
| 19 | Andrea Ballerini (ITA) | Honda | 47.813 |
| 20 | Gino Borsoi (ITA) | Aprilia | 48.612 |
| 21 | Robin Harms (DEN) | Aprilia | 58.448 |
| 22 | Mike Di Meglio (FRA) | Honda | 58.474 |
| 23 | Emilio Alzamora (SPA) | Honda | 1'25.522 |
| 24 | Imre Toth (HUN) | Aprilia | 1'25.560 |
| 25 | Julián Simón (SPA) | Malaguti | 1'25.881 |
| 26 | Michele Danese (ITA) | Honda | 2'10.497 |