| 1 |  Alex Zülle (SWI) | Banesto | 17h19'13" |
| 2 |  José Bento Azevedo Carvalho (POR) | Maia - Mss | 0.07 |
| 3 |  Andrei Zintchenko (RUS) | LA - Pecol - Calbrita | 0.14 |
| 4 |  Unai Etxebarria Arana (VEN) | Euskaltel - Euskadi | 0.21 |
| 5 | Vitor Manuel Gomes Gamito (POR) | Porta da Ravessa | 0.44 |
| 6 |  Eligio Requejo Dominguez (SPA) | Kelme - Costa Blanca | 1.18 |
| 7 | Gonçalo José Amorim Valada (POR) | Maia - Mss | 1.41 |
| 8 | Iban Sastre Estevez (SPA) | Festina | 2.17 |
| 9 | Pedro Cardoso (POR) | Maia - Mss | 2.22 |
| 10 | Orlando Sergio Gomes Rodrigues (POR) | Banesto | 2.30 |
| 11 | Igor Flores Galarza (SPA) | Euskaltel - Euskadi | 2.31 |
| 12 | José Enrique Gutiérrez Cataluña (SPA) | Kelme - Costa Blanca | 2.51 |
| 13 |  Matthias Buxhofer (AUT) | Phonak Hearing Systems | 2.59 |
| 14 | Jose Maria 'Txema' Del Olmo Zendegi (SPA) | Euskaltel - Euskadi | 3.02 |
| 15 | Rui Pedro Henriques Pereira Roque (POR) | Sport Lisboa e Benfica | 3.03 |
| 16 | Gorka Gerrikagoitia Arrien (SPA) | Euskaltel - Euskadi | 3.04 |
| 17 | Ricardo Felgueiras Da Silva (POR) | Porta da Ravessa | 3.12 |
| 18 |  Hernan Dario Munoz Giraldo (COL) | Colchon Relax - Fuenlabrada | 3.35 |
| 19 | Luis Javier Castellano Marquez (SPA) | Troiamarisco - Matesica - Aboboda | 4.02 |
| 20 | Pedro Lourenco Martins (POR) | Gresco - Tavira | 4.06 |
| 21 | Vidal José Fitas Pereira (POR) | Porta da Ravessa | 4.07 |
| 22 |  Tobias Steinhauser (GER) | Gerolsteiner | 4.09 |
| 23 | Pedro Miguel Lopes Gonçalves (POR) | LA - Pecol - Calbrita | 4.21 |
| 24 | Unai Emilio Yus Querejeta Yus Querejeta (SPA) | Troiamarisco - Matesica - Aboboda | 4.30 |
| 25 | Rafael Casero Moreno (SPA) | Festina | 4.31 |
| 26 | Ezequiel Mosquera Miguez (SPA) | Paredes Movel - Tintas Vip - Antarte | 4.38 |
| 27 | Orlando Sergio Gomes Rodrigues (POR) | Banesto | 5.08 |
| 28 | Michael Rich (GER) | Gerolsteiner | 5.33 |
| 29 | Bruno Miguel Castanheira Gomes (POR) | LA - Pecol - Calbrita | 6.06 |
| 30 | Jon Odriozola Mugarza (SPA) | Banesto | 6.29 |
| 31 | Torsten Schmidt (GER) | Gerolsteiner | 6.50 |
| 32 | David Blanco Rodriguez (SPA) | Paredes Movel - Tintas Vip - Antarte | 7.00 |
| 33 | Pierre Bourquenoud (SWI) | Phonak Hearing Systems | 7.10 |
| 34 | Javier Llamas Boza (SPA) | Troiamarisco - Matesica - Aboboda | 7.15 |
| 35 | Virgilio Martins Dos Santos (POR) | Paredes Movel - Tintas Vip - Antarte | 8.24 |
| 36 | José Agostinho Rosa Ribeiro (POR) | LA - Pecol - Calbrita | 8.30 |
| 37 | Angel Edo Alsina (SPA) | Maia - Mss | 8.55 |
| 38 | Domingo José Sanchez Segado (SPA) | Gresco - Tavira | 9.02 |
| 39 | José Angel Vidal Martinez (SPA) | Kelme - Costa Blanca | 9.29 |
| 40 | Delmino Albino Magalhaes Pereira (POR) | Boavista | 9.36 |
| 41 |  Renzo Ragnetti (ITA) | Cantanhede - Marques da Marialva - Bairrada | |
| 42 | Miguel Angel Manteiga Suarez (SPA) | Paredes Movel - Tintas Vip - Antarte | 10.05 |
| 43 | Josu Silloniz Aresti (SPA) | Euskaltel - Euskadi | 10.38 |
| 44 | Aitor Gonzalez Jimenez (SPA) | Kelme - Costa Blanca | 10.58 |
| 45 | Edouard Gritsoun (RUS) | Gerolsteiner | 13.21 |
| 46 | José Sousa Alves Cardoso (POR) | Gresco - Tavira | 13.42 |
| 47 | Paulo Jorge De Moura Ferreira (POR) | Barbot - Torrié Cafés - Gondomar | 13.47 |
| 48 | Leonardo Piepoli (ITA) | Banesto | 14.15 |
| 49 | Ruben Diaz De Cerio (SPA) | Euskaltel - Euskadi | 14.42 |
| 50 | Serguei Smetanine (RUS) | Sport Lisboa e Benfica | 15.03 |
Alexandre Usov (BLR)
